莫纳什大学有十大院系：
 
艺术设计、文学、商业、教育、工程、信息技术、法律、药剂学和制药科学、科学以及医学、护理和健康科学等院系。
 
莫纳什大学拥有100个科研中心，并与17个校外科研机构建立了合作关系。该校的研究所和研究中心包括：
 
1. 莫纳什大学交通事故研究中心(MUARC)
2. 亚太科学和财富创造中心
3. 区域研究研究所(IRS)
4. 莫纳什亚洲研究所(MAI)
5. 莫纳什电子商务研究中心
6. 莫纳什电子显微镜研究中心
7. 莫纳什同步加速器研究中心
8. 莫纳什可持续发展研究所
9. 莫纳什纳米、材料与制造研究所
10. 莫纳什全球运动研究所

设置的专业有：
 
建筑设计、设计、美术、工业设计、室内建筑、多媒体及数字艺术、视觉艺术、视觉艺术和媒体艺术、多媒体、多媒体设计、艺术、美术、语言学、亚洲研究、欧洲研究、澳大利亚研究、新闻学、编辑学、社会学、社会工作、社会福利、图书馆管理、表演艺术、视觉艺术、陶艺、音乐、会计、银行金融、财务管理、农业经济、企业管理、国际贸易、经济学、MBA、工业关系、商用电脑、饭店管理、旅游观光、电脑科学、电脑系统分析、电子传讯、电脑电子工程学、幼儿/小学/中学教育、特殊教育、英语教学、教育心理学、教育研究与管理、化工、土木工程、材料科学、环境、水利及交通工程、生物、心理学、应用心理学、行为科学、环境科学、应用科学、法律、心理医学、生殖学、免疫学、性病学、传染病及生物统计学、微生物学、护理、助产、公共卫生、药剂学、药理学、生物医学等