查尔斯·达尔文大学是著名的澳大利亚创新研究大学联盟的成员之一，致力于高质量的教学和研究。在2009年Spanish SClmageo World Report关于研究质量的调查中，查尔斯·达尔文大学位列第五。
研究是学校当前战略目标的重要组成部分，负责北领地25%的研究和开发。目前，学校有11个大学研究中心，包括：亚太文学研究中心，医学护理研究，能源研究，文化资源研究，社会研究，东南亚法律，东南亚研究，教育语言研究，多元教育背景的教育与学习，热带环境建筑，热带湿地研究。学校鼓励教研人员在可替换能源、资源管理、地理信息系统、热带卫生保健、东南亚法律、热带种植及热带建筑等领域开展进一步的国际合作研究。
同时，学校将为澳大利亚及东南亚的个人和组织之间的合作与交流提供信息和支持。除了美国和欧洲以外，学校还和印度、印度尼西亚、菲律宾、马来西亚、东帝汶、越南及中国的院校和团体签署了国际协议，包括学生交流、教员进修、研究基金的有效利用、培训、图书馆资源、文化性和体育方面的访问等。
