滑铁卢大学有7个学院(不包括下属的独立的专科学校),它们分别是:
 
数学学院
下设5个系和1个分部枣应用数学系、组合数学与最优化系、计算机科学系、纯数学系、统计与保险计算科学系、用于工业和商业的数学分部。同会计与金融学院合办的数学/特许会计(Mathematics/Chartered Accountancy)专业为加拿大全国所有学校与专业中最难进、竞争最为激烈的专业。
 
会计与金融学院
所有的本科生计划都以合作教育制进行。 其数学/特许会计(Mathematics/Chartered Accountancy)，生物技术/特许会计（Biotechnology/Chartered Accountancy)，会计与金融管理（Accounting&Financial Management)专业为加拿大全国所有学校与专业中最难进、竞争最为激烈的三个专业。学院提供会计学硕士学位。
 
应用保健科学学院
下设5个系枣舞蹈系、健康研究系、人体运动学系、娱乐与闲暇研究系、老年医学系。
 
人文学院
有如下系科枣会计、人类学、古典研究、戏剧、经济学、英语、艺术、法语、地理、德语、历史、拉丁语、中世纪研究、音乐、哲学、政治科学、心理学、宗教研究、俄语、斯拉夫研究、社会发展研究、社会学、西班牙语。
 
工学院
所有的本科生计划都以合作教育制进行。下设5个系枣化学工程系、土木工程系、电气工程系、机械工程系和系统设计系。
 
环境研究学院
是加拿大最大的环境研究学院。下设2个系和2个专业学院枣环境与资源研究系、地理系、建筑学院、城市与地区规划学院。
 
理学院
下设4个系枣生物系、化学系、地球科学系、物理系。另有验光配镜学院。 　　此外，还有4个学院与滑大建立了联校制或附属于滑大管理，它们是圣杰罗姆大学学院、瑞尼森学院、圣保罗联合学院和康拉德格雷尔学院。
 
科研机构包括
会计研究与教育中心、应用保健研究中心、信息理论中心、分子束与激光化学中心、新牛津英语词典中心（用计算机编辑）、职业写作中心、“社会、技术与价值中心”、圭尔夫/滑铁卢生物技术中心、遗传资源中心、计算机研究所、地下水研究所、提高质量与生产率研究所、高分子研究所、风险研究所、多孔介质研究组、第四纪科学研究所、太阳热工程中心、滑铁卢人文研究团体、滑铁卢计算机集成电路制造中心、滑大过程开发中心、滑铁卢核磁共振中心，滑铁卢研究所。磁共振中心，滑铁卢研究所。