麦克唐纳学院是麦大的分校，内有麦大农业与环境科学学院。该学院位于蒙特利尔以西32公里的圣安德贝尔维，有摩根植物园、莱曼昆虫学博物馆、麦吉尔植物标本馆、构架研究所和寄生虫学研究所。
麦大有23个学院，分称faculties和schools。属于faculties的有12个：农业与环境科学院、文学院、牙医学院、教育学院、工学院、法学院、管理学院、医学院、音乐学院、宗教学院、理学院、科研与研究生院。属痈蟘hools的有11个：建筑学院、计算机科学院、饮食与营养学院、图书馆与情报科学研究生院、人类交流失调学院、麦吉尔音乐学院、护理学院、职业健康学院、物理与职业治疗学院、社会工作学院、城市规划学院。此外，麦大还有3个附属学院：蒙特利尔教区神学院、蒙特利尔联合神学院和蒙特利尔长老会学院。皇家维多利亚学院是一所合并到麦大的非教学性学院，专为女生提供膳宿。
麦大医学院(拥有13个附属教学医院)是医学院师生的教学中心。在中国家喻户晓的白求恩大夫就是在麦大的一个教学医院里开始他的医学生涯的。此外，该校还与蒙特利尔地区7大医院建立了教学和科研挂钩关系，其中有5个是它的综合性教学医院，2个专业教学医院。麦大在医学领域，尤其在癌症研究、免疫学、遗传学、呼吸道疾病和神经病学等方面均取得了很大成就。
麦吉尔大学设有农业与环境科学学院、教育学院、文学院、理学院、医学学院、牙科学院、工程学院、舒利希音乐学院、法学院、管理学院以及宗教研究学院等11个大的学院。另外还设有继续教育学院等其它机构。
 
学校开设的专业有：植物学、动物学、生物资源工程、食品科学与农业化学、农业经济学、哲学、语言学、东亚研究、社会学、英语、人类学、教育学、教育与心理辅导、土木工程与力学、化学工程、采矿及材料工程、生物伦理学、工商管理、解剖与细胞生物学、病理学、表演、音乐研究、大气及海洋科学、物理学、地球及行星科学、心理学等。