多伦多大学独特的历史与地理位置，使其不仅包含了美国大学开放与自由的学风，也融合了欧洲大学的严谨与传统。与英国牛津剑桥的学院制系统相似，多大主校区包含7所独立的本科学院，3所神学学院及1所研究生学院：
 
本科学院：Innis College 因尼斯学院、New College 新学院、St. Michael's College 圣迈克尔学院、Trinity College 三一学院、Victoria College 维多利亚学院、Woodsworth College 乌兹沃斯学院、University College 大学学院
 
神学学院：Knox College 诺克斯学院、Regis College 瑞吉斯学院、Wycliffe College 威克利夫学院
 
研究生学院：Massey College 梅西学院
 
这些学院中，每所学院都有自己不同的历史、特色及录取标准。例如，Victoria College学院作为多伦多大学中最富有的学院之一，通常会提供更丰厚的奖学金和更加完善的设施。Innis College学院是以著名校友Innis命名而建立于1960年代的一个较新的学院，它有一栋现代化的公寓式宿舍，可以自己做饭，由于该院小而精，所以招生非常严格，它以其优秀而富有学术精神的学生而出名。

专业课程
本科专业
艺术和人文学院：英语，法语，语言学，人文学等。
社会科学学院：心理学，人类学，社会学等。
商学院：统计学，金融/银行学，工商行政管理等。
 理工学院：计算机科学，生物科学，医学预科，牙科学预科，建筑学等。
 
研究生专业
艺术和人文学院：哲学，历史，心理学等。
社会科学学院：经济学，社会学等。
多伦多大学商学院：工商行政管理，金融学等。
医学院：医学，牙医学等。
理工学院：物理学，计算机信息科学，生命科学，工程及应用科学等